Kekkei Genkai

Kekkei Genkai (血継限界, que literalmente significa "técnica limitada à herança sangüínea" ou "Limite de Linhagem") são habilidades passadas geneticamente em clãs específicos, o que significa que nenhuma outra pessoa sem ser do clã pode aprende-los ou copiá-los. É possível possuir mais de uma dessas habilidades. Existem kekkei genkai que agem no corpo do usuário, por exemplo os dōjutsu, que trabalham pelos olhos. Outras kekkei genkai incluem combinação de naturezas de chakra, criando naturezas únicas, coisa geralmente impossível para shinobi normais.
É possível, no entanto, transmitir kekkei genkai para pessoas fora do clã. Dōjutsu, ou qualquer outro kekkei genkai isolado em um orgão, pode ser transplantado no corpo de outro, assim como Kakashi Hatake, que recebeu o Sharingan de seu colega Obito Uchiha. Uso desses órgãos exige mais chakra gasto do que aqueles que nascem com eles. Elementos do chakra também podem ser passados para outros, como no caso de Yamato, que passou pelos experimentos de re-modificação genética de Orochimaru para adquirir o Mokuton. Porém, a habilidade de Yamato com o elemento não é nem um pouco poderosa comparada ao de seu praticante original, Hashirama Senju.
Há uma versão avançada do kekkei genkai chamada Kekkei Tõta.